瑷珲，以瑷珲河而得名，历史上曾称“艾浑”“爱呼” “艾虎”等，因这里原本就是多民族聚居地区，不同民族对这一称谓的发音有所不同，在文献上的写法也有差异。其达斡尔语意为“可畏”，还有说是满语“母貂”之意，《瑷珲县志》称后者也“较为可信”，因明末清初时瑷珲一带以产貂而闻名。1956年国务院更改生僻字地名时曾改为“爱辉”，2015年黑龙江省政府批准镇名恢复用字“瑷珲”。
1683年，为了抗击沙俄武装入侵黑龙江流域，康熙皇帝决策在黑龙江建城、驻军。同年10月，任命萨布素为首任黑龙江将军，令其在达斡尔人图龙恰寨旧址建城永戍。据《柳边纪略》记载，此城为明朝奴儿干都司黑龙江忽里平寨，后此寨世袭罔替为巴尔达奇寨、图龙恰寨，清初时已有“爱呼”之称。沙俄武装进犯黑龙江流域后，达斡尔人被迫南迁，图龙恰寨及周围几个屯寨被废弃。寨址在黑龙江东岸，今黑河市瑷珲镇二道沟村的对岸。建城历时两个半月，于1684年（康熙二十三年八月）建成。因早有“爱呼”之称，所以一直沿用。
1685年，清政府鉴于瑷珲地处江东，与内地联系诸多不便，决定将黑龙江将军驻地迁至下游12里的江右岸，在毁于1651年的达斡尔人托尔加城旧址上另建城寨。新城仍名瑷珲，即今瑷珲。
瑷珲城名缘起于江东，沿用到江西。历史上，为了区分两座瑷珲城，将1683年所建之城称为江东瑷珲或瑷珲旧城，将1685年所建之城称为江西瑷珲或瑷珲新城。
瑷珲城名缘起于江东，沿用到江西。历史上，为了区分两座瑷珲城，将1683年所建之城称为江东瑷珲或瑷珲旧城，将1685年所建之城称为江西瑷珲或瑷珲新城。
1685—1687年间的两次中俄雅克萨之战过程中，瑷珲起到了前线基地和指挥部的作用。也正是因为两次雅克萨战争，沙俄才肯于真正坐下来与中国谈判，促成1689年中俄《尼布楚条约》的签订，明确了外兴安岭以南土地为中国所有。此后，驻守瑷珲的黑龙江将军和副都统担负着镇守黑龙江两岸我国大片领土的重责。
1685—1687年间的两次中俄雅克萨之战过程中，瑷珲起到了前线基地和指挥部的作用。也正是因为两次雅克萨战争，沙俄才肯于真正坐下来与中国谈判，促成1689年中俄 《尼布楚条约》的签订，明确了外兴安岭以南土地为中国所有。此后，驻守瑷珲的黑龙江将军和副都统担负着镇守黑龙江两岸我国大片领土的重责。
对于瑷珲城的建筑、规模等在史料中有着较为详细的记述。这些记述，使我们能够更加生动、形象的复原历史上瑷珲城的原貌。
《黑龙江外传》记载瑷珲新城分内、外两城，内城“排木为重垣，实以土，具雉堞之观，四门皆有楼橹，方一千三十步，高一丈八尺”，外城“西南北三面，排木为廓，方十里，南一门，西北各二，东临江”。将军衙门及其官邸驻于内城，《盛京通志》记述：“副都统公署在城内，原系将军公署。康熙二十九年将军移驻墨尔根改为副都统公署，大堂五间、堂司房二间、户兵刑工四司房各二间，档子房一间、仓房一间，内宅住房十六间，仪门五间，大门三间。”外城主要是商、民居住，还有粮仓、税局、街道厅等一些其它机构。兵营等军事设施也多驻于外城，在现头道沟北松树林处设有北营，城关村处设有南营，爱辉粮库北设有船库，通往二道泉村南树林处设有教军场。
贯穿内外城的南北大街是瑷珲的商业区。对于这条大街，俄国人马克在《黑龙江游记》中有过生动的描述，他说：“我们走出要塞大门后，一条相当长而又宽阔的大街立刻展现在眼前。这条街与河岸平行延伸着，大街两旁有许多小巷和另外一些街道。这条街大部分房舍皆为土房，几乎每栋房子临街的一面都是店铺。店铺完全朝街开着，连放在货架上的商品都看得清清楚楚。店铺朝街的一面通常都摆一张柜台，把商人和顾客隔开，每座店铺都挂着写有花花绿绿的汉文和满文的招牌，而在木杆上还飘扬着用纸剪成的各种各样的图形、三角旗和龙。所有这些都使市街显得十分奇特。从两旁的房屋上横着街拉着一些绳子，夜间上面挂着用来照明市街的灯……”
贯穿内外城的南北大街是瑷珲的商业区。对于这条大街，俄国人马克在《黑龙江游记》中有过生动的描述，他说：“我们走出要塞大门后，一条相当长而又宽阔的大街立刻展现在眼前。这条街与河岸平行延伸着，大街两旁有许多小巷和另外一些街道。这条街大部分房舍皆为土房，几乎每栋房子临街的一面都是店铺。店铺完全朝街开着，连放在货架上的商品都看得清清楚楚。店铺朝街的一面通常都摆一张柜台，把商人和顾客隔开，每座店铺都挂着写有花花绿绿的汉文和满文的招牌，而在木杆上还飘扬着用纸剪成的各种各样的图形、三角旗和龙。所有这些都使市街显得十分奇特。从两旁的房屋上横着街拉着一些绳子，夜间上面挂着用来照明市街的灯……”
瑷珲还建有很多庙宇，如关帝庙、娘娘庙、龙王庙、土地庙、大佛寺、明昭寺等。《瑷珲县志》对江边的龙王庙和城北的关帝庙有这样的记述：“江岸之上设有龙王殿宇，正对此庙江底似有一山，每年立冬封江，则此处必先应时而冻固，立夏开江或前或后三日之内，不拘昼夜，必有一时江中雷动，即将中心数尺厚冰划分各半，从此始渐畅开，地方称为神异。城中北有高岗，树木蓊翳，建有关帝庙，香烟最隆。”在相当长的一段历史时期，各种庙宇富丽堂皇，均为砖瓦结构，而官署、民居都为泥草房或木草房。
十九世纪下半叶，清政府由盛至衰，内外交困，面对强邻沙俄对黑龙江流域的再一次武力入侵，已无力自卫和反抗。及至1858年，清政府代表黑龙江将军奕山被沙俄东西伯利亚总督穆拉维约夫武力逼迫在瑷珲城内签订了不平等的《瑷珲条约》，使我国失去了外兴安岭以南、黑龙江以北60余万平方公里的土地。两年后的1860年，《中俄北京条约》签订，承认了《瑷珲条约》，又将乌苏里江以东共管的土地划归俄国。
十九世纪下半叶，清政府由盛至衰，内外交困，面对强邻沙俄对黑龙江流域的再一次武力入侵，已无力自卫和反抗。及至1858年，清政府代表黑龙江将军奕山被沙俄东西伯利亚总督穆拉维约夫武力逼迫在瑷珲城内签订了不平等的《瑷珲条约》，使我国失去了外兴安岭以南、黑龙江以北60余万平方公里的土地。两年后的1860年，《中俄北京条约》签订，承认了《瑷珲条约》，又将乌苏里江以东共管的土地划归俄国。
1900年，八国联军进攻中国，沙皇俄国在参加八国联军进攻京津的同时，妄图实现独占东北的野心，以“保护中东路”为名出兵我国东北，进而烧毁并侵占瑷珲。
1900年，八国联军进攻中国，沙皇俄国在参加八国联军进攻京津的同时，妄图实现独占东北的野心，以“保护中东路”为名出兵我国东北，进而烧毁并侵占瑷珲。
1900年8月4日，万余俄军凶猛的向瑷珲发起了进攻。面对来势汹汹的俄国军队，驻守清军进行了顽强抵抗，瑷珲各族人民和义和团拳师也自发行动起来，共同抵抗侵略军。但由于实力相差悬殊，中国军民“兵单战久”，力所难支，苦战5个多小时后沙俄侵略者攻入瑷珲城。
在清军主力撤出瑷珲后，城中留下的部分清军将士和不愿撤离的百姓继续顽强抵抗，他们为了保卫自己的家园竭尽了全力，直到熊熊的烈火将瑷珲焚烬……
在清军主力撤出瑷珲后，城中留下的部分清军将士和不愿撤离的百姓继续顽强抵抗，他们为了保卫自己的家园竭尽了全力，直到熊熊的烈火将瑷珲焚烬……
1902年，中俄两国签订《交收东三省条约》，黑龙江将军、瑷珲副都统据约与沙俄阿穆尔当局进行了多次艰难交涉，要求撤兵还地。1907年，沙俄军队撤走，瑷珲城得以收复并重建。1909年，清政府撤销瑷珲副都统，设瑷珲兵备道和瑷珲直隶厅。1912年，瑷珲兵备道迁往黑河。1913年，北洋军阀改瑷珲直隶厅为瑷珲县公署。1933年，日军侵入瑷珲，成立伪瑷珲县公署，同年9月县公署迁往黑河。1946年，中国共产党在瑷珲建立瑷珲区政府，以后变为县辖区。1959年，成立瑷珲人民公社。现在瑷珲镇属黑河市爱辉区管辖。